上世紀90年代以來，洪水、干旱、水質污染、生態環境惡化等問題越來越引起全國人民的關注。黨中央、國務院十分重視水資源問題，時任國家主席江澤民曾指出：“水是人類生存的生命線，也是農業和整個經濟建設的生命線”。中國工程院緊緊抓住這一關系國計民生的大問題，從民族生存發展和綜合國力競爭的高度來研究中國水資源戰略，體現了院士們、專家們憂國憂民的責任感和振興中華的強烈愿望。
從1999年起，以錢正英為首的一批中國工程院院士，聯合院外一大批知名專家，連續承擔了6項以水資源及區域開發為主題的戰略咨詢研究項目，取得了豐碩的成果，并得到了國務院主要領導的高度重視，許多戰略性及政策性建議被采納匯入國務院及下屬相關部委的決策應用。
水資源系列戰略咨詢研究，從1999年開始延續到2011年。6個項目既具有針對性、戰略性、綜合性等共同性質，又根據不同的研究對象而各有特色。它們分別是：中國可持續發展水資源戰略研究；西北地區水資源配置、生態環境建設和可持續發展戰略研究；東北地區有關水土資源配置、生態與環境保護和可持續發展的若干戰略問題研究；江蘇省沿海地區綜合開發戰略研究；新疆可持續發展中有關水資源的戰略研究；浙江沿海及海島綜合開發戰略研究。
中國工程院組織了覆蓋多學科的43位兩院院士和近300位院外專家，成立了7個課題組和項目綜合組。這7個課題組是：防洪減災對策研究、水資源評價和供需平衡分析、農業用水與節水高效農業建設、城市水資源利用保護和水污染防治、北方地區水資源配置和南水北調、生態環境建設與水資源保護利用、西部地區水資源開發利用。各課題組下，又設置了有關的專題研究。各課題和專題的參加人員來自不同學科和不同行業，對一些問題帶來了不同的觀點和意見，因此，各層次的研究過程都體現了交流、溝通、探討和融合。
項目團隊經過反復推敲和修改，最終提出我國水資源的總體戰略是：以水資源的可持續利用支持我國社會經濟的可持續發展，并建議從8個方面實行戰略性的轉變，分別為防洪減災、農業用水、城市和工業用水、防污減災、生態環境建設、水資源的供需平衡、北方的水資源問題以及西部地區的水資源問題。綜合報告還提出，為了實現以上戰略轉變，必須進行水資源管理體制、水資源投資機制和水價政策等三項改革。
2000年7月，項目綜合組在時任國務院副總理溫家寶主持的國務院會議上做了匯報。會議以后，國務院把項目綜合報告作為國務院的參閱文件下發給各省市、各部委，水利部以文件形式在水利系統轉發，有的雜志和報紙也全文刊登，在學術界和社會上產生了一定影響。
為了全面介紹中國可持續發展水資源戰略研究的成果，以配合“十五”計劃的貫徹落實，項目綜合組決定編輯出版《中國可持續發展水資源戰略研究報告集》。根據課題研究的情況，全書分9卷出版，《中國可持續發展水資源戰略研究綜合報告及各專題報告》是第一卷。
溫家寶在《中國可持續發展水資源戰略研究報告集》的《序》中寫道：“本報告集匯集了該項目研究的系列成果，內容豐富，觀點鮮明，立意高遠，是院士們、專家們多年理論研究和實踐經驗的總結，對各級政府決策具有重要的參考價值。”